Les étudiants du parcours Bioinformatique, Connaissance, Données (BCD) du Master Sciences et Numérique pour la Santé (responsable : Anna-Sophie Fiston-Lavier) et ceux du master IMHE (responsable : Anne-Sophie Gosselin) viennent de publier un article scientifique international dans le journal Viruses.
Ce travail collaboratif transdisciplinaire initié par Anne-Sophie Gosselin (Enseignante-Chercheure au département Bio-MV), Jean-Christophe Avarre (chercheur ISEM-IRD) et Anna-Sophie Fiston-Lavier (Enseignante-Chercheure au département Informatique) durant les Montpellier Omics Days avait pour but de décloisonner ces formations en permettant aux étudiants d’échanger leurs compétences sur un vrai projet de recherche.
La publication qui s’intitule « Cyprinid herpesvirus 3 Evolves In Vitro through an Assemblage of Haplotypes that Alternatively Become Dominant or Under-Represented« a été acceptée cet été dans le journal Viruses. La contribution des étudiants a été valorisée puisque tous les étudiants des promotions des deux formations sont co-auteurs du papier.
Résumé de l’article :
Dans cette publication, les auteurs ont travaillé sur l’évolution du virus de l’herpès des cyprinidés de type 3 (CyHV-3), un virus à ADN double brin de 295 kilobases, agent responsable de l’herpesvirose de la carpe (KHVD). Des expériences d’évolution expérimentale ont été réalisées in vitro en passant en série un isolat de CyHV-3 sur des cellules de carpe commune et en évaluant la virulence du virus au cours des passages. Après 78 passages en culture cellulaire, l’isolat s’est révélé beaucoup moins virulent que l’isolat initial. Une analyse de génomique comparative des virus avant et après le passage 78 a révélé un nombre limité de variations, dont la plus notable est une délétion de 1363 paires de bases dans le gène 150 du virus. Il est intéressant de noter que cette délétion, très majoritaire dans les génomes viraux après 78 passages, n’est pas détectée dans la forme sauvage du virus (avant passage) ni après 99 passages. Ces résultats, confirmés par PCR digitale, suggèrent que CyHV-3 évolue, au moins in vitro, grâce à un assemblage dynamique d’haplotypes viraux, qui deviennent alternativement dominants ou sous-représentés.